À l'origine de Team Fortress se trouve une modification de Quake développée par de jeunes australiens, Robin Walker, John Cook et Ian Caughley. La première version du mod vit le jour le 24 août 1996.

Ce mod introduisait une notion de classe de personnages ouvrant une nouvelle ère du jeu en équipe. Les concepteurs des cartes utilisèrent les nombreuses ressources fournies par le mod et purent ainsi créer en plus des cartes « Capture de Drapeau » (Capture the Flag), des cartes avec des systèmes de points de contrôles ou des cartes « Tuer la Proie » (Hunted). Team Fortress devint rapidement la modification de Quake la plus jouée au monde.

L'équipe devenue Team Fortress Software commença à travailler sur Team Fortress II pour Quake II dès le début de 1998. TF II devait être une adaptation de TF avec le moteur plus performant de Quake II. De plus, l'équipe développait un macros-langage, le mapC (à l'instar du QuakeC) pour offrir encore plus de liberté aux concepteurs de cartes. Le suivi des bugs de TF fut confié à une équipe de développeurs qui l'emmena jusqu'à la version 2.9. L'équipe de TF Software se heurta à des problèmes dus principalement au moteur de Quake II qui rendaient certaines caractéristiques de TF (comme les différentes vitesses) difficiles à gérer.

En fait Team Fortress II pour Quake II ne vit jamais le jour. La société fut approchée par Valve Software qui était train de développer un jeu basé sur le moteur de Quake, Half-Life, et qui souhaitait faire de TF II le mode multijoueur pour Half-Life. Une autre équipe développa Weapons Factory, un TF-like, mais uniquement CTF.

Quand Half-Life rentra dans la platforme de Valve, la communauté Team Fortress eut la désagréable surprise de voir que TF était devenu un supplément à part de Half-Life. Le phénomène s'amplifia après la sortie de Half-Life 2, lorsqu'il fut annoncé que TF2 serait un jeu à part entière. Un peu sous la pression de la communauté TF qui attendait TF2, Valve Software se résolu à sortir Team Fortress Classic, un remake de Team Fortress sur le moteur de Half-Life.

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