Deus Ex 3 se passe en 2027 à Shanghai, avant les évènements des deux premiers opus. Le joueur incarnera un certain Adam Jensen, officier de sécurité de son état. Employé dans un laboratoire spécialisé en modifications biomécaniques, il se retrouve mêlé à une sombre histoire lorsque des commandos pénètrent dans les locaux qu'il était chargé de surveiller.