Le scénario de Metroid Prime se situe entre celui du tout premier opus (NES, 1986) et de Metroid II : Return of Samus (Game Boy, 1992). La chasseuse de primes Samus Aran, orpheline recueillie dès son plus jeune âge par les Chozo, une race mi-homme mi-oiseau à l'intelligence supérieure, vient d'éliminer Kraid et Ridley, les chefs des pirates de l'espace, et de détruire Mother Brain. La menace de voir l'immense potentiel psychique des Metroids utilisé à des fins guerrières est réduite à néant, ou presque... Les forces restantes des pirates décident de retourner sur la planète Zebes réveiller Mother Brain et ressusciter leurs chefs, tandis qu'un bastion part à la recherche d'une nouvelle source d'énergie susceptible de leur fournir une puissance de feu incommensurable. Les nomades interstellaires éliront domicile sur Tallon IV, ancienne planète désertée par les Chozo, où une source d'énergie dangereuse mais foisonnante, le Phazon, permet de réaliser des mutations à l'ampleur insoupçonnée. Alors que cette sombre menace pèse sur la Fédération Galactique, Samus Aran, alertée par des signalements étranges en provenance d'une station orbitale proche de Tallon, décide d'intervenir.

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