En 1996, cinq ans après la chute de l'U.R.S.S., plusieurs anciens espions de la guerre froide, soviétiques ou non, se font mystérieusement assassiner. Vous êtes alors chargé d'enquêter sur cette affaire.

Clandestine peut se jouer seul ou en coop. Dans ce dernier mode, l'un des joueurs contrôle le personnage principal comme en solo, alors que l'autre joueur aide le premier en piratant les systèmes de sécurité et les caméras.