Dans un article de quatres pages sur Deus Ex 2 chez GameSpot, on nous apprend que l'histoire se déroule vers le milieu du 21ème siècle, 15 ans après le premier volet.

We don't need armies. We have the cells in human bodies--an invisible weapon in an invisible war

Dans votre première mission à Seattle, vous découvrirez que votre personnage, Alex D., est un des quatres agents "nano-enhanced" travaillant pour une organisation cachée. A noter que vous pourrez choisir si votre personnage sera féminin ou masculin.
Vous aurez accés à un grand nombre d'armes, en vous spécialisant dans des armes lourdes etc... , de nombreux objets seront aussi à votre disposition comme des jumelles avec un laser "mic" (permet d'écouter des conversations lointaines), une sorte de couteau suisse (permet de crochetter des serrures). Mais si vous n'avez pas l'âme d'un grand guerrier et soldat, vous pourrez aussi finir le jeu sans toucher à aucune des armes. A vous de voir.