Island Thunder est une extension stand-alone qui ajoute une tonne de nouveautés ainsi qu'une révision générale du titre.

Les "Ghosts" sont de retour et cette fois-ci ça va barder sur le territoire cubain. En 2008, à la suite de la mort du dictateur Fidel Castro, l'île s'apprête à vivre ses premières élections libres, entachées par les actions coup de poing d'un richissime dealer colombien, bien décidé à mettre le pays à ses genoux. C'est face à un tel foutoir que les Nations Unies ont décidé de faire appel aux services des "Ghosts", célèbre corps d'élite américain, spécialisé dans l'action d'envergure et le démantèlement d'organisations extrémistes. Le principe de jeu restera le même que dans Tom Clancy's Ghost Recon premier du nom et on aura toujours la possibilité de gérer jusqu'à six mercenaires, chacun étant spécialisé dans une approche différente du combat (assaut, sniper, bazooka...), le tout divisé en deux équipes de trois hommes : Bravo et Alpha

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