Fidèle aux principes de la série, Socom II nous offre dans la campagne solo le contrôle d'une poignée de membres des forces d'élite américaines, les Seals, et se charge de les déployer aux endroits les plus chauds de la planète pour des missions riches en terroristes de toutes teintes.

Les missions prennent place dans quatre théâtres principaux, à raison de trois scénario chacun, mettant en scène l'Albanie et ses trafiquants, le Brésil et ses forces révolutionnaires, l'Algérie et son front patriotique, la Russie et son groupe de libération. Pour les neutraliser en toute discrétion, le joueur a sous ses ordres un bataillon de quatre commandos, séparés en deux petites unités dotées d'une certaine indépendance et dont on ne contrôle vraiment qu'un seul élément, le commandant.