Dans le futur, la surpopulation a atteint un niveau si critique que les humains sont forcés de construire sur le plan vertical : de monstrueux immeubles de plusieurs kilomètres de haut sont ainsi érigés sur toute la planète. Les classes les plus aisées vivent tout en haut, les classes inférieures en bas. Continuant sa croissance, et pour échapper à la pollution, la ville se déplace au fil des années de plus en plus vers les hauteurs, abandonnant progressivement les étages inférieurs pour finalement perdre totalement le contact avec les habitants des classes les plus pauvres, complètement oubliés. La civilisation ne sait désormais plus ce qui se passe en dessous des nuages, et n'ose plus y mettre les pieds car elle sait les étages les plus bas complètement infestée par une faune de brigands et de mutants en tout genre.

Néanmoins, lorsque des techniciens envoyés dans les bas-fonds pour examiner et réparer l'équipement d'une usine de viande de synthèse (Viandoprion) ne donnent plus de signe de vie, une équipe constitué de quatre membres de l'UPA (Urban Protection Agency) est envoyé à leur rescousse et les poursuit de plus en plus bas, vers des endroits où l'homme civilisé n'a plus mis le pied depuis des années : vers la terre ferme.

Dans Project Eden, vous incarnez ces quatre membres à tour de rôle, chacun ayant ses propres compétences. Carter Dorlan est le chef de l'équipe et peut interagir avec les habitants. Andre Herderman est l'ingénieur et peut réparer toute sorte de choses. Minoko Molensky est l'informaticienne et peut hacker des ordinateurs pour obtenir des informations ou contrôler diverses machines. Et Amber Torrelson est une cyborg qui résiste au feu, à l'électricité, ou au gaz toxiques. Chaque membre possède aussi ses propres armes, et il est d'ailleurs possible de choisir la première ou la troisième personne pour les combats.