Alpha Zone est un FPS qui prend place sur Ferrinox 9, une planète colonisée du système Alpha. Le système de défense de la colonie établie sur la planète n'a pas été capable de détecter des vaisseaux hostiles qui menacent désormais la colonie et ses habitants. Vous incarnez un agent d'une force spéciale envoyé pour détruire le centre de commandement ennemi, baptisé Multi reactor. Le Multi reactor détient des informations sur d'autres colonies humaines et doit donc être détruit.

Le jeu propose 8 niveaux à l'intérieur comme en extérieur, dans lesquels on trouve 6 types d'ennemis pouvant être éradiqués avec 4 types d'armes.