Le joueur incarne B.J. Blazkowicz, un soldat allié qui tente de s'échapper d'un bâtiment nazi, rempli de gardes armés de pistolets et de mitrailleuses, ainsi que de chiens d'attaque. Le bâtiment possède de nombreux passages secrets contenant divers trésors, nourriture, trousses médicales, et autres armes et munitions.

Dans le jeu, six épisodes verront Blazkowicz assigné à diverses missions derrière les lignes nazies (abattre d'importantes cibles, dérober des plans ou encore éliminer Hitler lui-même). Chaque épisode est décomposé en 10 niveaux dont 1 secret qui n'est accessible que dans les 8 premiers niveaux. Le neuvième niveau de chaque épisode contient un boss dont la mort constitue le plus souvent, la fin de l'épisode.