Æon Flux est un TPS inspiré du film éponyme de 2005. L'histoire se passe en 2415, après que 99% de la population de la planète ait été décimée par une épidémie. Une seule ville existe encore : Bregna. Elle est dirigée par un groupe de scientifiques, mais un groupe de rebelles, connu sous le nom de Monicans, s'oppose aux règles de ces scientifiques.

Dans le jeu, vous incarnez le personnage principal de l'histoire : Æon Flux (interprété par Charlize Theron dans le film). Vous faites partie des Monicans et vous avez pour mission d'assassiner les hauts dirigeants du pouvoir en place. Utilisez aussi bien vos techniques de combats que votre arme à feu appelée FUG (Flux Universal Gun).