Dans Wolfenstein, vous incarnez B.J. Blazkowicz, un agent d'élite de l'OSA (Office of Secret Actions). Les évènements du jeu prennent place juste après ceux de Return to Castle Wolfenstein, et les nazis sont de retour. Toujours en train de mener des recherches sur les forces occultes, ils découvrent une source d'énergie baptisée le Soleil Noir. Pour y avoir accès, les nazis doivent d'abord trouver l'accès à un monde parallèle nommé le "Veil". Ils pensent qu'ils peuvent utiliser cette source d'énergie pour créer des armes nouvelles et ainsi améliorer leur armée. B.J. Blazkowicz sait que les cristaux utilisés pour tirer parti du Soleil noir sont situés dans une seule ville du monde : une ville allemande fictive du nom d'Isenstadt. Ce dernier est alors envoyé dans cette ville pour arrêter les plans machiavéliques des nazis.