Le jeu permet au joueur d'incarner l'agent secrète Joanna Dark au service du fictif Institut Carrington, qui doit contrecarrer les plans de conspiration d'une puissante entreprise, la Datadyne. Très vite, l'affaire prend des proportions bien plus importantes. Le jeu inclut aussi un mode multijoueur avec un large choix de scénarios proposés en plus du traditionnel deathmatch.

Perfect Dark est souvent décrit comme la « suite » de GoldenEye 007, un jeu à succès développé par la même société en 1997 auquel Perfect Dark emprunte de nombreux traits. Bien que n'exploitant pas la licence James Bond, le jeu possède un gameplay similaire et utilise une version améliorée du même moteur de jeu. Perfect Dark est sorti à un moment où la Nintendo 64 arrivait en fin de vie, et c'est peut-être pour cette raison qu'il n'a pas connu le même succès que son prédécesseur, bien qu'il lui soit techniquement supérieur en de nombreux points.